Почаївський історико-художній музей засновано у 1959 році як музей атеїзму. У початковому етапі свого існування він висвітлював активну атеїстичну пропаганду того часу. Експозиція музею хронологічно відтворювала історію релігії та атеїзму, а також включала зал космонавтики та зал «Контрпропаганди», що прослідковував діяльність протестантських церков і зарубіжних релігійних організацій.
Після проголошення Незалежності України у 1991 році змінилася назва музею, який тепер називався Почаївським історико-художнім музеєм духовної культури. У 2002 році музей знову став самостійним і отримав назву Почаївський історико-художній музей. Експозиція музею була організована як комплекс окремих виставок, присвячених переважно історії Почаївської лаври. Окрему увагу приділено експозиції «Сакральне мистецтво Волині» та розділу, що розповідає про перебування Т. Г. Шевченка в Почаєві. Також музей зберіг розділ «Людина і космос», який викликав значний інтерес серед молоді. Основний фонд музею налічує близько 40 тисяч експонатів, а його колекцію передано до історико-художнього музею.