У структурі заповідника:
- Ратуша, колишній Польський магістрат (пам'ятка архітектури 14-18 ст.);
- Галерея мистецтв, приміщення колишньої духовної семінарії (пам'ятка архітектури 18 ст.);
- Відділ старожитностей, в минулому Вірменський торговий дім (пам'ятка архітектури 17 ст.);
- Старий замок (пам'ятка архітектури 12-18 ст.);
- Вірменська (Міська) криниця;
- Фонди музею;
- Виставкова зала;
- Кам'янець-Подільський Туристично-Інформаційний Центр.
На базі заповідника щорічно відбуваються науково-практичні конференції на тему археології, фортифікації, охорони пам'яток архітектури тощо.